No todos los municipios tienen la misma intensidad de la transmisión, esto y varios análisis más le brindaron al gobierno de México tener una mayor oportunidad de manejo eficiente de la epidemia, que priorizara el control de contención basada en casos sospechosos correspondiente en la fase 1 en aquellos municipios con baja transmisión, estos municipios principalmente se encuentran en zonas rurales, lejanos de ciudades medianas y grandes, con asentamientos poblacionales dispersos , en esos municipios podría haber una reintegración temprana de transitar a una nueva normalidad.  

Los municipios serán clasificados en tres categorías, cabe destacar que los contagios son considerados aquellos ocurridos en los últimos 28 días.

Categoría 1-Sin contagios y que no son vecinos de algún municipio con contagios (324 municipios).

Categoría 2-Con presencia de contagios (1067 municipios).

Categoría 3-Vecinos de municipios con contagios (1072).

Un aspecto más que deben cumplir es que presenten poca movilidad intermunicipal, el estado de Oaxaca cuenta con la mayor cantidad de municipios que cumple con esas características.

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